Roma İmparatorluğu’nun ikiye bölünmesiyle Kapadokya Doğu Roma İmparatorluğu’nun etkisi altında kaldı. 7. yüzyılın ilk yıllarında Kapadokya’da Sasanilerle Bizanslılar arasında yoğun savaşlar oldu. Sasaniler bölgeyi 6-7 yıl kadar ellerinde tuttular.  651’de Halife Osman Sasanileri yıkınca bölge bu kez Arap-Emevi güçlerinin akınlarına uğradı.

  Uzun süredir devam eden mezhep çatışmaları III. Leon’un müslümanlıktan etkilenerek ikonları yasaklamasıyla doruk noktasına ulaştı. Bu durum karşısında bazı hıristiyan ikon yanlısı keşişler Kapadokya’ya sığınmaya başladılar. İkonoklasm hareketi yüz yıldan fazla sürdü    (726-843). Bu dönemde birkaç Kapadokya Kilisesi ikonoklasm etkisinde kaldıysa da ikondan yana olanlar burada rahatlıkla gizlenip ibadetlerini sürdürdüler.