Selçukluların kültür, bilim ve sanat konularında  elemanların yetiştirildiği yapılardı. Bugünkü orta ve yüksek öğrenimle aynı düzeyde eğitim veren medreselerde öğretim dört ana dalda yürütülürdü: Din ve hukuk, dil ve edebiyat, felsefe ve temel bilimler. Belli bir öğretim süresi yoktu. Kitap bitirme söz konusu olduğundan öğrenciler farklı zamanlarda öğrenimlerini tamamlardı. Eğitim sabah namazından sonra başlar, öğle namazına kadar devam ederdi. Öğrenciler daha sonra avlu etrafındaki çalışma hücrelerine çekilirlerdi. Genellikle salı, perşembe ve cuma günü tatil yapılırdı.

İlk medreseler camilere ve mescitlere bağlı, onların yanında ya da içinde öğretime ayrılmış özel yerlerdi. Daha sonra Selçuklu sultanları kendi adlarına olduğu kadar eşlerinin adına da -çoğu tıp alanında öğrenim veren- medreseler inşa ettirdiler.

Araştırmacılar, medrese mimarlığının kökenini Mısır'a ve Orta Asya'ya bağlarlar. XII. yüzyıldan itibaren görülen Anadolu Selçuklu Medreseleri, açık ya da kapalı avluludur. Açık avlulu medrese tipi ise en yaygın olanıdır. Bunlarda tek, çift, üç ve dört eyvanın yanı sıra iki katlı olanları da bulunmaktadır. Bunun yanı sıra avlu yerine, büyük bir kubbeyle örtülü merkezi bir mekanın bulunduğu medreseler de ikinci temel tipi oluşturmaktadır.
 

Hunat Hatun Medresesi

Kayseri'de I. Alaaddin Keykubat'ın eşi Hunad (Mahperi) Hatun tarafından 1237/1238 yılında yaptırılan Medrese, cami, türbe ve hamam komplekslerinden ibaret olan Hunad Hatun Külliyesi içinde yer alır.

Dikdörtgen planlı, açık avlulu ve iki eyvanlı olan Medrese, yuvarlak destek kulelerine sahiptir. Doğu yönündeki portali kısmen yıkılmış olmasına karşın Selçuklu taş işçiliğinin iyi örneklerinden olduğu anlaşılmaktadır. Kemerli, yüksek revaklarla çevrili avlunun uzun kenarlarında sekizerden on altı adet tonozlu hücre yer alır. Yan hücrelerin tonozu, duvarları ve tabanı düzgün taşlarla kaplıdır. Giriş holünün sağ ve solundaki mekanlar birbirlerine simetrik olup mescidi sağ kanattadır.

Girişin tam karşısında yer alan ana eyvan derin ve yüksek beşik tonozlu olduğundan anıtsal görünüme sahiptir. Dış çerçevesi ve yan duvarlarda yer alan dolap nişleri geometrik motiflerle süslüdür.

Ana eyvanın solunda kare planlı dersane, sağında ise iç içe bölmeli mekanlar yer alır. Bu kısımdan daha sonra inşa edilen Hunat Hatun Türbesi'ne geçilir.

Taşkınpaşa Medresesi

Ürgüp-Soğanlı yolu kenarında, Ürgüp'ün 20km. güneyindeki Damsa (Taşkınpaşa) köyündedir. Karamanoğulları'na ait Medrese, 22.60x23.85m. ölçülerindedir.

Portali, mescitteki mihrabı, kapı ve pencereleri düzgün kesme taşlardan duvarları ise moloz taşlarla örülüdür. Üst örtüsü tamamen yıkılmış olmasına karşın girişin hemen solundaki merdivenlerden en az iki katlı olduğu anlaşılmaktadır.

Batı taraftaki portalinde görülen zengin taş işçiliği klasik Selçuklu üslubundadır. Portal, tamamen geometrik ve bitkisel motiflerle süslüdür. Girişin üstünde yer alması gereken kitabesi kayıptır. Basık kemerli girişin hemen sağında medresenin mescidi bulunur.  Mihrabı portalde olduğu gibi zengin bitkisel motiflerle süslüdür. Üst kısım palmet dizileri, çift sıra bordürü ise bitkisel motiflerle bezelidir. 

Dikdörtgen planlı üzeri açık avlunun etrafında birbirinden bağımsız mekanlar yer alır.