Selçuklu Türkleri' nin Anadolu’ya girmesiyle yeni bir dönem başlar. İran ve Mezopotamya bölgesindeki zaferlerinin ardından  11. yüzyılın ikinci yarısında Türkler Anadolu’ya hızla yerleştiler. 1071 yılında Malazgirt ovasında Bizans İmparatoru Romanos Diogenes Selçuklu Hükümdarı Alparslan karşısında büyük bir yenilgiye uğrar ve esir alınır. 1080 yılında Süleyman Şah Konya’yı başkent yaparak Anadolu Selçuklu Devleti’ni kurar. 1082 de Kayseri Türkler’in eline geçer. Aksaray, Niğde gibi şehirler imar edilir. Fethedilen yerlerde birçok kervansaray, cami, medrese ve türbe gibi eserler yapılır.

Anadolu’nun Selçuklu Türkleri tarafından fethi, Patrikhane’nin Kapadokya Bölgesi’ndeki idari etkinliğini etkilememiş, ancak 14. yüzyıldan sonra sayı ve statülerini azaltmıştır.